В 1941 году Янтарная комната была захвачена и перевезена в Кёнигсберг немецкими войсками. А в 1945 году комната бесследно исчезла во время штурма города.
Поиски оригинальной комнаты ведутся до сих пор. Исследователь Георг Штайн выделил четыре версии о ее местонахождении: согласно первой, комната осталась в Кёнигсберге или его окрестностях. Согласно второй, комната затонула на судне при попытке вывоза. По третьей версии, комната доставлена в Германию и спрятана в шахтах Саксонии. Согласно последней, Янтарная комната была перехвачена американцами и отправлена за океан.
Есть еще одна версия судьбы Янтарной комнаты от Альфреда Роде: комната или ее часть могли сгореть в 1945 году в подвалах Кёнигсбергского замка.