Впервые церковь Иоанна Богослова упоминается в окладных книгах за 1625 год как деревянная. Закладка нового каменного храма состоялась в 1652 году, к 1665 году строительство, которое велось на пожертвования прихожан, было завершено. В конце XVII века к храму пристроили придел, освященный в честь Николая Чудотворца, а в середине XIX века была возведена колокольня и обновлено здание самого храма.
В 1920-х годах храм был закрыт и превращен в склад, иногда туда помещали заключенных. В 1932 году вносились предложения о сносе храма, однако благодаря архитектору Д. Сухову, который занимался реставрацией памятников Московского кремля, здание уцелело, были разрушены только главы и частично - колокольня. Теперь в строении разместилась мастерская Московского драматического театра, вследствие этого зданию был нанесен значительный ущерб - было полностью уничтожено внутреннее убранство, в стене сделали большой пролом для перемещения крупных декораций. В 70-х годах ХХ века была начата реставрация церкви, однако шла она крайне медленно в силу различных причин, за два десятилетия восстановили главы и частично внутреннее убранство церкви, но некоторые работы напротив, усугубили состояние здания.
В 1991 году в аварийном состоянии храм был передан Православной Церкви, вновь освящен, но, несмотря на начавшиеся службы, мастерская театра еще несколько лет оставалась в здании, полностью она переехала отсюда только в 1995 году. Позже была проведена реставрация на средства прихожан и Инкобанка.
